François Charles Joseph Napoleone Bonaparte figlio unico di Napoleone I e Maria Luigia d'Austria nacque il 20 marzo 1811 nel palazzo delle Tuileries di Parigi. Appena nato Napoleone lo prese tra le sue braccia, lo proclamò principe imperiale e disse: mio figlio è il più bello bambino della Francia"
Il suo atto di nascita, posto su un registro speciale, recita:
"Sua Maestà l'Imperatore (sottinteso: dei Francesi) e Re (sottinteso: d'Italia) ci ha dichiarato essere sua intenzione che il re di Roma riceva i nomi di Napoléon, François, Joseph, Charles."
Napoleone era il nome di suo padre, François quello del nonno materno, Charles quello del nonno paterno; quanto a Joseph si ricorda che Giuseppe Bonaparte fu il padrino del bambino con Ferdinando III di Toscana, presente in luogo di suo fratello, Francesco I, Imperatore d' Austria.

L'atto con il quale il Senato, il 18 maggio 1804, proclama Napoleone I imperatore della Repubblica francese (poiché le monete francesi continueranno a portare impressa la dicitura "Napoléon Empereur - Empire Français"), concede il titolo di "Principe imperiale" al figlio maggiore dell'Imperatore e quello di "principe francese" agli altri principi della nuova dinastia. Il giovane Napoleone portò inoltre fin dalla nascita il titolo di re di Roma in virtù della decisione del Senato del 17 febbraio 1810. Questo titolo era destinato a ricordare al papa Pio VII che Roma non era più, ormai, che il capoluogo di uno dei 130 dipartimenti francesi. Inoltre Napoleone intendeva raccogliere in questo modo l'eredità dell'impero romano germanico: più esattamente, i principi elettori (appena riorganizzati sotto la tutela di Napoleone Bonaparte) avevano la possibilità di designare un successore con l'imperatore in vita, e l'erede riceveva allora il titolo di re dei romani.
Spilla con l'effige di Napoleone II
(circa 1850)
Napoleone II, L'aquilotto
Dopo l'invasione della Francia e la presa di Parigi, Maria Luigia e suo figlio risiedettero a Rambouillet.
Il 4 aprile 1814, Napoleone redisse un atto di abdicazione che mantiene i diritti di suo figlio. Ma il 6 aprile 1814, Napoleone devette rinunciare alla corona per sé e per la sua discendenza. Napoleone salutò i suoi soldati il 20 aprile 1814 a Fontainebleau e partì per l'isola d'Elba. Il 23 aprile 1814 partiva da Blois il convoglio che portava a Vienna Maria Luigia e suo figlio.
Il regno (teorico) di Napoleone II durò dunque due soli giorni, ma sufficienti a giustificare il suo titolo di Imperatore.
Da quel giorno visse presso il nonno, l'imperatore Francesco I. Il suo nome abituale fu soltanto François, o più precisamente Franz.
Dopo la restaurazione, Maria Luigia lasciò il figlio a Vienna per andare a regnare a Parma. Le fu imposto di considerare suo figlio un bastardo, giacché il matrimonio di Giuseppina Beauharnais con Napoleone Bonaparte non era stato annullato dal papa in persona. Il 18 luglio 1818, Napoleone II fu nominato duca di Reischstadt (una località della Boemia), a cui erano associate rendite importanti.

Nel 1830 a Parigi (Napoleone II aveva 18 anni), durante la rivoluzione che portò all'abdicazione di Carlo X, si gridava «Vive Napoléon II», e si pensava ad offrirgli il trono.
Il giovane Bonaparte morì di tisi a Vienna il 22 luglio 1832, nel Palazzo dello Schönbrunn, senza aver contratto matrimonio. Fu seppellito a Vienna nella Cripta dei Cappuccini con gli Arciduchi d'Austria.
I suoi resti furono trasferiti nel Palazzo degli Invalides a Parigi il 15 dicembre 1940, per disposizione di Adolf Hitler, in una tomba vicina a quella di Napoleone I, recante l'iscrizione "Napoléon II Roi de Rome" (Napoleone II re di Roma). La data fu scelta per segnare il centenario del trasferimento agli Invalides delle ceneri di Napoleone, avvenuto appunto il 15 dicembre 1840.

Attraverso Maria Teresa d'Asburgo, madre dell'ultima regina di Francia Maria Antonietta, e bisnonna di sua madre Maria Luigia, Napoleone II fu un lontano cugino di Luigi XVII di Francia: nessuno dei due regnò mai.
"La sua ombra mi guida”. Stampa popolare francese